牛津共有39个学院，与学校关系采用联邦制形式，每一所学院都由Dean和Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家。

除此以外，还有6个准学院——称为“永久性私人学堂”，为各宗教教派所办，至今还保留着它们的宗教特许状。

在39个学院中，万灵学院没有学生，只有学者（包括访问学者），各学院规模不等，但都在500人以下，学生与学者均来自不同的专业学科。

牛津大学有四个学术部门，其中包括：

·人文学部

包括拉斯金艺术学院在内共有十大学院，这些学院都是世界上最大的学院之一，使牛津能提供音乐、美术、古代、现代的艺术人文教育，在最新的QS世界大学学科排名中，牛津被评为世界上艺术和人文学科最好的大学。

·数学、物理和生命科学部

部门涵盖了数学、计算机、物理、工程和生命科学各个领域，并且承担前沿应用工作，在2022年泰晤士高等教育学科排名中，牛津大学的计算机科学学科排名世界第一。·医学科学部

四个学部中最大的一个，国际公认的生物医学和临床研究与教学卓越中心，在2022年泰晤士高等教育学科排名中，牛津大学连续11年在临床、临床前和健康科学邻域排名世界第一。

·社会科学部

汇集了致力于应对人类面临一系列重大挑战的部门、学院，如可持续发展管理、移民、全球治理、正义、贫困以及发展。

除此之外，牛津大学还比较著名的系统部门机构有GLAM和牛津大学出版社。

·GLAM

牛津大学的花园、图书馆和博物馆统称GLAM，是世界上大学藏品最集中的地方之一，包含超过2000万件物品、标本和印刷品，是最大和最重要的研究资料库之一。

·牛津大学出版社

世界上最大、最成功的大学出版社，每年以100多种语言在全球各国出版数千种图书。